Pese a que empezó a diseñarse a principios de 2000 y a que las primeras experiencias piloto se remontan a 2009, la imposición de LexNet fue acogida con críticas generalizadas de los operadores jurídicos por considerarla obsoleta: se colapsa o funciona con lentitud cuando concurre un alto número de usuarios, se producen pérdidas de información cuando se cuelga, no funciona nada más que con ciertos navegadores y sistemas operativos, no tiene suficiente capacidad para enviar archivos pesados y hay fallos en las entregas o en la recepción de los acuses de recibo.
Estas deficiencias son muy relevantes en un ámbito como el de la Justicia, donde se trabaja con plazos perentorios para ejercitar las acciones y su incumplimiento puede causar serios perjuicios a los justiciables.
En muchos sectores de la Judicatura y de la Abogacía se considera que la información judicial y los propios sistemas tecnológicos de los juzgados y tribunales deberían estar bajo control del propio Poder Judicial y no del Gobierno o de las comunidades autónomas.
El abogado Javier de la Cueva, experto en tecnologías de la información y comunicación, presentó en 2016 una denuncia contra España ante el Tribunal de Justicia de la Unión Europea por el sistema LexNet, que, a su juicio, "atenta contra la separación de poderes y contra la independencia judicial".
