La avalancha de pateras en las costas andaluzas también está afectando al funcionamiento de los juzgados. Ahora es el estamento judicial el que alerta del sobresfuerzo al que se ven sometidos jueces y funcionarios de los juzgados de instrucción de guardia, que son los encargados de ordenar, en la práctica totalidad de los casos, los ingresos en los centros de internamiento de extranjeros (CIE) mientras se tramitan los expedientes de expulsión.
La presidenta de la Audiencia Provincial de Almería ha reclamado más medios para paliar la sobrecarga de trabajo en los juzgados, tras mantener una reunión con la consejera de Justicia de la Junta de Andalucía, quien de momento se ha comprometido a estudiar una solución a este problema junto al Ministerio de Justicia, que a su entender también deberá pronunciarse al respecto.
Cuando un juzgado de instrucción de Almería se encuentra de guardia, cuatro de sus ocho funcionarios asumen este trabajo extraordinario, si bien cuando llegan pateras el resto de trabajadores también suele colaborar en la tramitación de los expedientes de los extranjeros.