Además de los problemas de implantación, LexNet presenta otros problemas a nivel técnico. El primero de ellos es su incompatibilidad con muchos navegadores de internet. El Ministerio ha facilitado una tabla en su página web en la que expone los compatibles, que se reduce a sólo unas pocas versiones de Internet Explorer y Firefox, dejando fuera a otros gigantes como Chrome (cuya versión 42 es incompatible) o Safari de Apple. La razón de este gran inconveniente reside en que la nueva plataforma está construida en Java.
Según ha explicado David Maeztu, "el problema nace al elegir Java y algunos de sus componentes cuando existen otros lenguajes de programación que evitan estos problemas. Sin embargo, desde Justicia optaron por una tecnología vieja".
Algunas últimas versiones de los pocos navegadores que funcionan con LexNet también dan error, por lo que algunos expertos recomiendan no actualizarlos, con los problemas de seguridad que esto conlleva. Según Fernando de la Cuadra, director de Educación de la empresa de ciberseguridad Eset España, "la primera regla de oro en lo que a seguridad de nuestros dispositivos se refiere es actualizar a la última versión del navegador para evitar cualquier tipo de agujero. CryptoLocker por ejemplo se aprovechó de la vulnerabilidad de versiones antiguas de programas como Java".
Para Pablo Fernández Burgueño, el problema de LexNet va más allá de la seguridad: "LexNet se está cargando el principio de la neutralidad tecnológica, una de las bases de la Administración Pública. Según este principio, el usuario debe tener la libertad para poder elegir qué tecnología utilizar a la hora de ponerse en contacto con la Administración. Algo que impide LexNet al imponer navegadores como Firefox".